故事舞台发生在13年前，在东京秋叶原发生的6名少女离奇失踪案件“秋叶原神隐”，最终以悬案告终。曾被誉为天才创作者的新城大辉，为迎接一年一度的游戏展，宣布将以该事件为题材开发新作游戏《AKIBALOST》。然而发表后不久，大辉便接到一通威胁电话：“停止游戏开发，否则悲剧将重演。”担任游戏参演者之一的大辉妹妹葵也被卷入事件，突然失踪。大辉被迫面临终极抉择：是完成游戏，还是守护妹妹与同伴？